Perjalanan klinik infeksi HIV terbagi atas tiga tahap yaitu, tahap akut yang berlangsung selama 3-12 minggu, tahap laten/kronik yang berlangsung antara tahun pertama hingga ke tujuh, dan tahap krisis yang terjadi pada tahun ke delapan hingga ke sebelas.

Seseorang dikatakan telah menderita AIDS apabila menunjukkan tes HIV positif dengan pemeriksaan yang sesuai dan sekurang-kurangnya didapatkan dua gejala mayor dan satu gejala minor, dan gejala-gejala ini bukan disebabkan oleh keadaan lain yang berkaitan dengan infeksi HIV

Terapi yang diberikan pada penderita AIDS adalah terapi kausal (Penyebab), terapi suportif untuk meningkatkan keadaan umum pasien, dan terapi untuk infeksi oportunistik. Sebagai terapi kausal diberikan antiretroviral (ARV). Indikasi pemberian ARV adalah adanya bukti infeksi HIV dengan gejala atau infeksi HIV dengan pemeriksaan CD4 (salah satu sistem kekebalan tubuh) dibawah 200/mL. Jika pemeriksaan CD4 tidak dapat dilakukan, dapat digunakan pemeriksaan limfosit total. CD4 200/mL kurang lebih setara dengan limfosit total 1200sel/dL. ARV diberikan dengan cara kombinasi, hal ini berdasar atas bukti klinis yang menunjukkan bahwa inisiasi terapi menggunakan kombinasi dua atau lebih  ARV memberikan hasil yang optimal.

Selama pemberian ARV, dilakukan pemantauan secara klinis dan laboratorium. Pemantauan laboratorium yang dilakukan adalah pemeriksaan hemoglobin (Hb), SGOT, SGPT, bilirubin, CD4, serta viral load. Terapi yang berhasil akan perbaikan gejala klinis, peningkatan CD4 dan viral load. Terapi yang efektif akan menunjukkan penurunan viral load setelah terapi selama 3-4 minggu. Dan beberapa penelitian menyatakan bahwa dalam 6 bulan terapi sekitar 80% dari penderita AIDS yang menggunakan ARV secara teratur dapat mencapai keadaan undetectable.